Αν και δεν έχει ακόμη αποδειχθεί ότι τα 18 είδη βακτηρίων που ανακαλύφθηκαν συμβάλλουν στον καρκίνο του προστάτη, ωστόσο, τα νέα ευρήματα μπορούν να αποτελέσουν ένα χρήσιμο εργαλείο για τους ερευνητές προκειμένου να διερευνήσουν πιθανές συσχετίσεις μεταξύ των βακτηρίων και της νόσου. Επίσης, θα μπορούσαν να βοηθήσουν τους επιστήμονες να κατανοήσουν καλύτερα γιατί ορισμένοι καρκίνοι του προστάτη παρουσιάζουν πιο επιθετική συμπεριφορά από άλλους.
Η νέα μελέτη πραγματοποιήθηκε υπό την καθοδήγηση ερευνητών του Πανεπιστημίου της Ανατολικής Αγγλίας (UEA). Για τις ανάγκες της μελέτης χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα από την ομάδα Pan Prostate Cancer Group (PPCG) —μια σημαντική διεθνή σύμπραξη που συνιδρύθηκε και συνδιευθύνεται από την καθηγήτρια Ros Eeles, από το Ινστιτούτο Ερευνών για τον Καρκίνο (The Institute of Cancer Research) στο Λονδίνο, και τον καθηγητή Colin Cooper, από το UEA.
Στο πλαίσιο της μελέτης συγκεντρώθηκαν μοριακά δεδομένα από περισσότερες από 2.000 περιπτώσεις καρκίνου του προστάτη σε εννέα χώρες, δημιουργώντας μία από τις πιο ολοκληρωμένες πηγές παγκοσμίως για τη μελέτη της νόσου. Τα περισσότερα από τα βακτήρια που ανακαλύφθηκαν πρόσφατα προέρχονταν από τη στοματική κοιλότητα. Ανάμεσά τους περιλαμβάνονται νέα είδη Porphyromonas —μια ομάδα που οι ερευνητές του UEA έχουν συνδέσει στο παρελθόν με πιο επιθετικό καρκίνο του προστάτη— καθώς και βακτήρια Treponema.
Γενετικό υλικό
Όταν οι ερευνητές προσδιορίζουν την αλληλουχία του DNA από δείγματα όγκων ή αίματος, ένα μέρος του γενετικού υλικού που εντοπίζουν δεν προέρχεται από τον ασθενή. Αυτές οι αλληλουχίες συνήθως απορρίπτονται κατά τη διαδικασία φιλτραρίσματος, καθώς οι επιστήμονες εστιάζουν στο ανθρώπινο DNA.
Οι ερευνητές του UEA, αντίθετα, ανέλυσαν αυτά τα δεδομένα που είχαν αρχικά απορριφθεί, εξετάζοντας 2.176 σύνολα δεδομένων αλληλούχισης από το PPCG και χρησιμοποιώντας μια τεχνική που ονομάζεται μεταγονιδιωματική συναρμολόγηση (metagenomic assembly), προκειμένου να ανασυνθέσουν βακτηριακά γονιδιώματα από θραύσματα DNA.
Οι ερευνητές ανέκτησαν 249 σχεδόν πλήρη βακτηριακά γονιδιώματα από 194 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Είκοσι τέσσερα από αυτά δεν αντιστοιχούσαν σε κανένα καταγεγραμμένο είδος, ενώ οι ερευνητές ταυτοποίησαν 18 είδη που ήταν προηγουμένως άγνωστα. Για 16 από τους νέους αυτούς οργανισμούς, έδωσαν επίσημες προσωρινές ονομασίες.
Το γένος Porphyromonas —στο οποίο ανήκει το κύριο βακτήριο που ευθύνεται για τις παθήσεις των ούλων— ήταν αυτό που εντοπίστηκε συχνότερα.
Βακτήρια της στοματικής κοιλότητας
Υπάρχει αυξανόμενο ενδιαφέρον για την πιθανή σχέση μεταξύ των βακτηρίων που εντοπίζονται στη στοματική κοιλότητα και ασθενειών σε άλλα μέρη του σώματος. Προγενέστερη έρευνα από την ομάδα του UEA έδειξε ότι, σε άνδρες που φέρουν μια συγκεκριμένη ομάδα βακτηρίων —μεταξύ των οποίων περιλαμβάνονται αρκετά είδη που απαντώνται φυσιολογικά στο στόμα—, η πιθανότητα εξέλιξης του καρκίνου του προστάτη ήταν υπερδιπλάσια.
Ωστόσο, η μελέτη μεμονωμένων ειδών παρουσιάζει δυσκολίες, καθώς πολλά από αυτά τα βακτήρια δεν έχουν καλλιεργηθεί ποτέ στο εργαστήριο, δεν διαθέτουν γονιδιώματα αναφοράς και δεν μπορούν να ανιχνευθούν με εξετάσεις που στοχεύουν σε συγκεκριμένα είδη.
Εκτός από την ανασύνθεση των γονιδιωμάτων των ειδών που εντοπίστηκαν πρόσφατα, οι ερευνητές προέβλεψαν τις συνθήκες που απαιτούνται για την καλλιέργειά τους και ανέπτυξαν ένα τεστ DNA ικανό να ανιχνεύει ένα από αυτά τα είδη. Αυτό αναμένεται να επιτρέψει στους ερευνητές να μελετήσουν μεμονωμένα βακτήρια με πολύ μεγαλύτερη λεπτομέρεια.
Ο Δρ Abraham Gihawi, από την Ιατρική Σχολή του Norwich στο UEA και πρώτος συγγραφέας της μελέτης, δήλωσε: «Τώρα που διαθέτουμε τα γονιδιώματα αυτών των βακτηρίων, μπορούμε να αναπτύξουμε διαγνωστικές εξετάσεις για τον εντοπισμό τους σε κλινικά δείγματα, να βρούμε τρόπους καλλιέργειάς τους και να αρχίσουμε να μελετάμε τα γονίδιά τους, καθώς και το πώς ενδέχεται να συνδέονται με τον καρκίνο.
Κάθε ένας από αυτούς τους οργανισμούς βρισκόταν μπροστά στα μάτια μας, χωρίς να τον προσέχουμε. Τα δεδομένα είχαν ήδη παραχθεί, χρηματοδοτηθεί και αναλυθεί για έναν εντελώς διαφορετικό σκοπό, ενώ οι βακτηριακές αλληλουχίες βρίσκονταν σε εκείνο το τμήμα των δεδομένων που όλοι συνήθως πετούν».
Ο Colin Cooper, καθηγητής Γενετικής του Καρκίνου στην Ιατρική Σχολή του Norwich (UEA) και συνεπικεφαλής της PPCG, δήλωσε: «Η ομάδα αυτή δημιουργήθηκε για να δώσει απάντηση στο ερώτημα γιατί δύο άνδρες με την ίδια διάγνωση μπορεί να έχουν τόσο διαφορετική έκβαση. Οι περισσότερες από τις απαντήσεις που έχουμε λάβει μέχρι στιγμής προέρχονται από τη γενετική του ίδιου του όγκου – στοιχεία που μας παρέχουν πολλές πληροφορίες, αλλά τα οποία δεν μπορούμε να αλλάξουμε.
Τα βακτήρια, ωστόσο, είναι κάτι διαφορετικό. Αν κάποιος μικροοργανισμός συμβάλλει στην εμφάνιση επιθετικού καρκίνου του προστάτη, αυτό είναι κάτι που θα μπορούσε ενδεχομένως να αντιμετωπιστεί ή να προληφθεί.
Δεν ισχυριζόμαστε ότι αυτά τα βακτήρια προκαλούν καρκίνο του προστάτη. Τα εντοπίσαμε, τα ονομάσαμε και αναπτύξαμε τα εργαλεία για τη μελέτη τους. Πρόκειται για ένα βήμα που πρέπει απαραίτητα να προηγηθεί, προτού μπορέσει κανείς να δώσει μια τεκμηριωμένη απάντηση στο ερώτημα περί αιτιώδους συνάφειας».
