Αν και δεν είναι πολύ συνηθισμένο να εμφανιστεί μούχλα σε ένα μπουκάλι με συσκευασμένο χυμό, ωστόσο μπορεί να συμβεί.
Η μούχλα για να αναπτυχθεί χρειάζεται υγρασία, θρεπτικά συστατικά και οξυγόνο - πράγματα που είναι σαφώς διαθέσιμα στον χυμό, ιδιαίτερα στην επιφάνειά του. Ορισμένοι μύκητες μπορούν να εξαπλωθούν στο υγρό περιεχόμενο, «απολαμβάνοντας» τον πλούσιο σε οξυγόνο αέρα και τον πλούσιο σε θρεπτικά συστατικά και υγρασία χυμό ταυτόχρονα.
Οι ειδικοί δεν συνιστούν να απομακρύνετε την μούχλα και να πιείτε τον χυμό. Μερικές από τις ενώσεις που απελευθερώνει η μούχλα μπορεί να κάνουν το χυμό να έχει άσχημη γεύση. Άλλες μπορεί να μην είναι καλές για τον οργανισμό, είτε βραχυπρόθεσμα είτε μακροπρόθεσμα.
Για παράδειγμα, ορισμένοι τύποι μούχλας που αναπτύσσονται σε φρούτα, ιδιαίτερα σε μήλα, παράγουν μια τοξίνη που ονομάζεται πατουλίνη, η οποία μπορεί να υφίσταται ακόμα και αν δεν υπάρχει εμφανές σημάδι μούχλας. Η πατουλίνη είναι αρκετά ανησυχητική με αποτέλεσμα ο Οργανισμός Τροφίμων και Φαρμάκων των ΗΠΑ να έχει θέσει όρια στα επίπεδα πατουλίνης σε προϊόντα όπως η σάλτσα μήλου και ο χυμός μήλου.
Υπάρχει και ένας ακόμη λόγος που θα πρέπει να πετάξετε τον χυμό αν έχει εμφανιστεί μούχλα. Η μούχλα απελευθερώνει σπόρια στον αέρα, τα οποία μπορούν να προκαλέσουν αλλεργικές αντιδράσεις σε περίπτωση εισπνοής από ευαίσθητα άτομα.
Αν και η οξύτητα του χυμού μπορεί να βοηθήσει στην αποτροπή των περισσότερων βακτηρίων, οι μύκητες δεν ενοχλούνται ιδιαίτερα. Σύμφωνα με το βιβλίο «Μύκητες και αλλοίωση τροφίμων» (Fungi and Food Spoilage) των John I. Pitt και Ailsa D. Hocking, οι περισσότεροι μύκητες μπορούν να αναπτυχθούν άνετα μεταξύ pH 3 και 8. Ο χυμός πορτοκαλιού και ο χυμός μήλου έχουν pH μεταξύ 3 και 4, σύμφωνα με το Πανεπιστήμιο του Κάνσας.
Η υγρασία, από την άλλη πλευρά, είναι απαραίτητη για την ανάπτυξη μούχλας. Σύμφωνα με το Fungi and Food Spoilage, η μούχλα δεν μπορεί να αναπτυχθεί σε μπουκάλια με συμπυκνωμένο χυμό επειδή δεν υπάρχει αρκετό διαθέσιμο νερό. Η μούχλα χρειάζεται επίσης οξυγόνο, αν και μπορεί να αναπτυχθεί σε συνθήκες σχετικά χαμηλού οξυγόνου.
Να σημειωθεί ότι, τα εργοστάσια χρησιμοποιούν διάφορους τρόπους για να αποτρέψουν την ανάπτυξη μικροβίων και μούχλας στους χυμούς.
